Мускулатура птиц усложнена по сравнению с мускулатурой пресмыкающихся. Лучше развиты мышцы, которые связаны с полетом, то есть те, что поднимают и опускают крылья. По своей массе эти мышцы равны массе остальной мускулатуры. Хорошо также развиты мышцы шеи и ног. Дыхательные движения обеспечивают межреберные мышцы.

Важную функцию играют подкожные мышцы, которые двигают отдельные перья. В прохладную погоду они сокращаются, и при этом увеличивается промежуток воздуха между перьями и туловищем, что способствует сохранению тепла. В жаркую погоду, наоборот, перья прижимаются к телу и этот промежуток уменьшается. Это способствует отдаче тепла и охлаждению тела.