Свободно живущие пресноводные простейших являются источником питания для других обитателей водоемов (в частности, мальков рыб). Инфузорий евглен искусственно выращивают как корм для молодежи прудовых и аквариумных рыб. Разные виды простейших способны существовать в пресных водоемах с неодинаковой степенью загрязненности, потому их можно использовать для определения качеству воды.Для этого сравнивают видовой состав и численность простейших в водоемах разных типов. Например, евглена зеленая живет в водоемах, загрязненных органическими веществами, а евглена красна — в чистых водах. Простейшие, что имеют хлоропласты, принимают участие в процессе фотосинтеза. Они, как и растения, образуют органические вещества из неорганических и обогащают окружающую среду кислородом.